En 1588, el monje italiano Mariano Azaro, conocido en España como fray Ambrosio Mariano de San Benito, fraile carmelita descalzo colaborador de Santa Teresa de Jesús en sus fundaciones, de visita por Valencia, obtiene del Arzobisbo de Valencia San Juan de Ribera permiso para fundar un monasterio de la Orden descalzos del Carmen.
El lugar escogido para la construcción del nuevo convento fue la plaza del Portal Nou, muy cercana al lienzo de la muralla y al Portal de San José. En 1609 el convento, aunque no terminado del todo, fue ocupado por las monjas que lo bautizaron con el nombre de Convento de San José y Santa Teresa, auqnue hoy en la actualidad se le conoce simplemente como de San José.
Las obras del convento que se dilataron hasta 1628, según el proyecto del mismo monje arquitecto italiano Mariano Azaro, que dota al convento de un orden clasicista de raíces castellanas, basado en la sencillez constructiva, que la propia Santa Teresa de Jesús recomendaba. Su constructor fue Jerónimo de Villanueva fallecido en 1658 y se encuentra enterrado en la iglesia.
El convento de dimensiones reducidas dispone de iglesia, claustro, salas conventuales y jardín o huerto.
La iglesia es la parte que mejor conserva su aspecto original a excepción de la decoración interior que se realiza, bajo los auspicos de la familia Verdes-Montenegro durante la segunda mitad del siglo XVIII en la que se llevan a cabo diferentes obras en el convento, como la mejora del noviciado, la sustitución del suelo de la iglesia, la abertura de una ventana que se puede observar en la fachada principal, o la redecoración, en estilo rococó aunque contenido, con la que se adorna el interior de la misma con rocallas, estucos, volutas, cartelas, hojarascas y conchas.
Durante la Guerra de Independencia, las tropas francesas del general Suchet que entraron en valencia por el cercano portal de San José, evitaron el saqueo del convento por intercesión de una sobrina del general que se encontraba en aquel momento profesando como religiosa en el mismo.
En 1965 la zona conventual fue derribada en parte por deterioro y en parte por los daños sufridos en la riada de 1957. Se volvió a levantar de nueva planta esta zona, quedando de su antigua fábrica solamente la iglesia. Las obras concluyeron en 1974.
La última gran reforma efectuada en el convento se realizó entre 1978 y 1979 consistentes en obras de consolidación y adecentamiento. Se retiraron los dos pequeños retablos que estaban en los brazos del transepto, también se retiro el retablo del Altar Mayor instalado después de la Guerra Civil y se renovó el piso de la iglesia y el coro alto.
En 2007 el número de religiosas era mínimo y la orden ha vendido el convento a un industrial valenciano para construir un hotel de lujo. Las monjas antes de abandonar el recinto, decidieron vaciar las obras de arte del convento y arrancar de una manera poco respetuosa los zócalos cerámicos de todo el monasterio, lo que conllevó que muchos de ellos se rompieran. Enterados los medios de comunicación del destrozo, tuvo que intervenir el Consell y la Justicia y en la actualidad los azulejos se encuentran depositados en el Museo de Bellas Artes de Valencia.
En la actualidad el monasterio e iglesia permanecen vacíos y sin uso.
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